In agro di Mottola, tra i profumi e i colori della splendida macchia mediterranea, vi sono tre chiese rupestri tra le più belle e meglio conservate in Puglia: la chiesa di Sant'Angelo, quella di San Nicola di Myra e la chiesa di San Gregorio, ricchissime di affreschi databili dall'XI al XIV secolo.
Gli affreschi di queste chiese rupestri sono dipinti alla maniera di Bisanzio, molti dei quali ispirati alle leggende agiografiche di cui è intriso il medioevo. Incantevoli rappresentazioni della Vergine con Bambino attraggono i visitatori, come pure quelle di Arcangeli, Santi Apostoli, Santi Martiri e Santi Guerrieri. È ancora possibile scorgere numerosi graffiti devozionali, incisi da crociati e pellegrini, a testimonianza del passaggio da questi suggestivi luoghi sacri, in cui il rito si celebrava prima secondo il culto orientale, in epoca bizantina, e poi, a partire da quella normanna, anche latino.
La Chiesa di Sant'Angelo, dedicata all'Arcangelo Michele, rappresenta un vero e proprio unicum in Italia meridionale, poiché è l'unica chiesa rupestre italiana scavata su due livelli, come ve ne sono molte in Asia Minore e, in particolare, in Cappadocia. Fornita di un doppio ingresso, decorato con duplice ghiera, al piano superiore si presenta a tre navate e a tre absidi, con altari di tipo greco e latino e con tracce dell'originaria iconostasi sul pavimento. Gli affreschi - molti dei quali nascondono strati palinsesti di epoche precedenti - sono databili alla fine del XIII e inizi del XIV secolo. Particolarmente suggestivo l'affresco della Déesis posto sull'altare centrale. Si tratta di un tema pittorico diffusissimo in ambito rupestre locale, e molto frequente in ambito orientale, che identifica le chiese private a destinazione funeraria. La Déesis si compone di tre figure: la più importante e centrale, che sembra ammonire severamente con la sua fronte decisamente corrugata, è quella del Giudice alla Fine dei Tempi, cioè del Cristo Onnipotente, Pantocratore, posto tra la Vergine Maria e San Giovanni Battista. Questi ultimi due gli sono rivolti, assorti in preghiera, a chiedere l'intercessione delle anime dei defunti per il Paradiso. Questo tema rappresenta infatti un compendio del Giudizio Universale. Nell'abside destra, invece, la Déesis presenta San Giacomo, vestito da pellegrino, al posto del consueto Battista, ed è sormontata all'esterno da una figura di Cherubino. Raffinatissima l'esecuzione del dipinto nell'abside sinistra, in cui spicca il bel viso dell'Arcangelo Gabriele.
Il piano inferiore della chiesa è articolato da tre navate e tre altari di tipo latino. A connotarne l'evidente destinazione funeraria è la presenza di sei tombe, scavate nel pavimento. Un autorevole e austero San Pietro appare affrescato nel sott'arco della navata centrale, di fronte a un probabile San Paolo. Nell'abside destra un'altra Déesis sorprende per la raffinata esecuzione pittorica. L'affresco presenta ai lati del Cristo Giudice due insoliti intercessori: San Basilio e Sant'Andrea.
La Chiesa di San Nicola di Myra, per la bellezza dei suoi numerosissimi affreschi, databili dall'XI al XIV secolo, è stata battezzata dagli studiosi "Cappella Sistina della civiltà rupestre in Italia meridionale". Le sue affascinanti icone medioevali rappresentano una vera e propria pinacoteca d'arte sacra popolare pugliese. Qui sono evidenti gli influssi teologici e artistici sia di marca orientale che latina. Essa presenta un'architettura regolare e un impianto a croce latina, con l'altare centrale di tipo greco e quelli laterali di tipo latino. Un'iconostasi divide la zona sacra del bema, esclusiva dei sacerdoti, dal quistere in questa chiesa due volte l'anno, intorno agli equinozi di primavera e d'autunno. Per ierofania si intende una manifestazione del sacro, che si verifica quando l'uomo scopre, in un normale oggetto quotidiano, significati e attributi che appartengono appunto al mondo del sacro, con cui lo mettono in comunicazione.ella del naos, riservata ai fedeli. Tra i numerosissimi affreschi che adornano le pareti, i pilastri e i sottarchi, molti dei quali di pregevole fattura, spicca quello posto in corrispondenza dell'altare centrale, databile alla metà del XII secolo, raffigurante una maestosa Déesis. Il dipinto ricalca modelli arcaici ed esprime chiaramente la cultura pittorica provinciale comnena, forse influenzata da quella cipriota-palestinese nel suo periodo medio-conclusivo. Tra i Santi in parata affrescati, emergono, tra gli altri, oltre allo stesso Nicola, anche Basilio, Pelagia, Parasceve, Giuliano, Pietro, Giorgio, Elena, Leonardo, Lorenzo, Leone.
Interessante la ierofania cui è possibile assistere. Questa chiesa presenta, in effetti, una finestrella circolare, obliquamente scavata nella sua parete ovest, in alto a destra dell'ingresso, che è in realtà un foro gnomonico. Gli architetti medioevali, che conoscevano perfettamente la gnomonica - cioè l'arte di costruire orologi solari, grazie allo studio del sole e delle sue proiezioni sulla Terra, sceglievano, talvolta, di dotare le chiese cristiane di gnomoni o finestre posizionate in punti particolari. Da queste particolari aperture il sole entrava, per illuminarne determinate parti importanti, in date speciali come agli equinozi o nel giorno della festa del santo cui era dedicata la chiesa stessa. Tutto ciò era appositamente studiato affinché la sacralità del luogo si manifestasse tangibilmente agli occhi dei fedeli e si potesse creare un'atmosfera tale da aumentare in essi la fede e la devozione. Due volte l'anno, infatti, alla stessa ora del pomeriggio, in corrispondenza degli equinozi di primavera e d'autunno, un fascio di raggi solari penetra da quella finestrella, per proiettare un cerchio di luce proprio sul cuore del San Nicola più antico - databile alla metà dell' XI secolo, effigiato in palinsesto nel sottarco tra la navata centrale e quella destra. La chiesa rupestre di San Nicola, in ossequio ai dettami richiesti dai vertici ecclesiastici medioevali, è perfettamente orientata a est, dove si trova l'abside centrale con l'altare principale, e dove si credeva fosse lo stesso Paradiso nel medioevo.
Forse lo gnomone è stato concepito per realizzare una sorta di calendario-orologio solare, secondo le conoscenze della gnomonica, ai nostri giorni ormai dimenticate, ma all'epoca ben note al clero che frequentava questa chiesa. Forse la sua realizzazione ha voluto rappresentare un omaggio a San Nicola, popolarissimo e veneratissimo in tutta Europa ancor prima che ne giungessero i resti a Bari alla fine dell'XI secolo. Curiosamente, la datazione dell'affresco su cui si verifica questo gioco di luce è pressoché coeva all'inaugurazione della Basilica barese edificata in onore del Santo. Vero è che assistere al fenomeno del cuore di San Nicola illuminato alla stessa ora, tutti gli anni agli equinozi, è emozionante anche per chi sembrerebbe aver perso la fede, ancora, ai giorni nostri.
Resta impressa l'elegante e raffinata architettura della Chiesa di San Gregorio, autentico gioiello d'arte medioevale sacra scavata in Puglia. L'impianto è a croce greca, con tre altari di tipo latino a semicolonne nel bema rialzato e chiuso da resti di iconostasi. Pilastri a forma di croce sorreggono archi a tutto sesto. Le volte sono decorate a motivi cangianti: nel bema a cerchi concentrici e a croce inscritta in un cerchio e nel naos da disegni di finte travi e doppie falde. Tra gli altri affreschi campeggia, sopra l'altare centrale, posto di fronte all'ingresso, quello del Cristo Pantocratore, dall'espressione ieratica. Questo dipinto, databile alla fine del XII secolo, è stato paragonato, nei suoi tratti stilistici, a quello del Duomo normanno di Monreale.